Фамилия Штифонов — редкий случай, когда прозвище предка, скорее всего, было связано не с характером или внешностью, а с инструментом. Основа здесь — слово «штифт» (нем. Stift — стержень, штырь, шпилька). В русских говорах и ремесленной среде штифтом называли металлический стержень, гвоздь без шляпки или деталь для скрепления чего-либо. Отсюда и прозвище Штифон — человек, которого так прозвали за профессию или за сходство с этим предметом (например, за худобу и прямоту, как стержень). Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Штифон- добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Штифона» или «из семьи Штифона».

Гораздо правдоподобнее версия о ремесле. Штифоны активно использовали в слесарном, оружейном, сапожном (для деревянных гвоздей) и столярном деле. Предок-носитель фамилии мог быть мастеровым, работавшим на производстве, где требовались такие крепёжные детали: токарем, слесарем, гвоздочником. В пользу этого говорит и то, что немецкое слово Stift через ремесленные артели и цеха прочно вошло в русский язык именно в XVIII–XIX веках, когда фамилии у крестьян и городских низов только закреплялись.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий и не имеет «дворянских» гнезд. Поскольку суффикс -ов — исконно русский, а основа — заимствованная, Штифонов — типичный пример фамилии, возникшей в среде мастеровых людей, где профессиональный жаргон смешивался с русской словообразовательной нормой. В отличие от однокоренных Штифт или Штифтель (которые могли остаться без изменений у немцев-колонистов), Штифонов — уже русифицированный вариант, указывающий на то, что носитель давно обрусел.

В написании возможна путаница: фамилию могут записывать как Штыфонов (через Ы, под влиянием произношения) или путать с похожей Штиблетов (от «штиблеты» — обувь), но этимологически эти фамилии разные. Штифонов однозначно восходит к крепёжному стержню, а не к одежде или обуви.