Фамилия Штифонова — женская форма фамилии Штифонов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Штифон. Основа здесь не славянская, а немецкая или еврейская (ашкеназская), что сразу задаёт направление поиска. Слово «штифт» (нем. Stift) имеет несколько значений: «стержень», «штырь», «гвоздь без шляпки», а в переносном смысле — «воспитанник», «ученик» или даже «молодой человек». В идише «штифт» означает «пасынок» или «приёмный сын».

Самый прямой путь к фамилии — через немецкое прозвище Stift, которое могли дать человеку по профессии (слесарь, токарь, мастер по изготовлению штифтов) или по внешности (худой, прямой, «как гвоздь»). В еврейской среде прозвище Штифт нередко закреплялось за приёмным ребёнком или пасынком. В Российской империи такие фамилии часто возникали на юго-западе, в черте оседлости, а также среди немецких колонистов Поволжья.

Русский суффикс -ов- оформляет фамилию по модели «чей?» — «сын Штифона». То есть Штифон — это русифицированная форма исходного прозвища: немецкое Stift или идишское Штифт «обрусело» до Штифон, а затем к нему добавили стандартный патронимический суффикс. Такая адаптация характерна для фамилий, возникших в смешанной среде, где иноязычное имя подгоняли под привычную модель.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России и на Украине, но без ярко выраженного гнезда. Сословно предки Штифоновых могли быть как ремесленниками (слесари, кузнецы), так и мещанами или крестьянами из немецких колоний. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Штифт, Штифтман, Штифтмахер — показывает, что Штифонов стоит особняком: это не профессиональная фамилия-прозвище в чистом виде, а уже вторичная, «сыновья» форма. Если Штифт или Штифтман прямо указывают на занятие, то Штифонов говорит о родстве: «потомок того, кого звали Штифон».