Фамилия Штилцкин — редкий случай в русском ономастиконе, где немецкая основа сочетается с русским патронимическим суффиксом -ин. Если убрать суффикс, остаётся корень «Штилц», который явно восходит к немецкой фамилии Stilz или Stülz. В немецком языке Stilz (от средневерхненемецкого stolz — «гордый, надменный») могло быть прозвищем для человека с характером, а Stülz — вариантом, связанным с диалектным словом «stülpen» (накрывать, опрокидывать). Однако вторая версия менее вероятна для фамилии.

Суффикс -кин (а не -ин) указывает на то, что основа оканчивалась на -к или -ц: в русской народной традиции «Штилц» дало бы «Штилцкин», а не «Штилцин». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ или иностранных имён, которые на русской почве адаптировали через уменьшительную форму. Например, немец Stilz мог получить в России прозвище Штилцка, от которого и пошла фамилия.

Появление такой фамилии в России — почти наверняка следствие контактов с немецкими колонистами или специалистами, приглашёнными в XVIII–XIX веках. Немцы селились в Поволжье, Причерноморье, Петербургской и Московской губерниях. Штилцкин — не переделка на русский лад (тогда было бы Штильцев или Штильцов), а именно калька с сохранением корня и добавлением русского суффикса. Это говорит о том, что носитель фамилии или его ближайший предок был немцем, но уже жил в русской среде и получил фамилию по отцу по местной модели.

Сословно такие фамилии могли принадлежать мещанам, купцам или ремесленникам — немецкие колонисты редко попадали в дворянство без особых заслуг. Встречаемость фамилии крайне низкая: в современных базах данных (например, по Москве или Санкт-Петербургу) она почти не фиксируется, что подтверждает её локальный и, вероятно, угасший характер.

Единственный известный носитель — герой повести Ильфа и Петрова «Двенадцать стульев» инженер-химик Штилцкин, но это вымышленный персонаж. Писатели, скорее всего, выбрали фамилию за её необычное звучание, а не из реальной статистики.