Фамилия Штукенция — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор заставляет задуматься не столько о корнях, сколько о пути, которым слово попало в фамилию. С первого взгляда очевидно: основа звучит не по-славянски. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого происхождения, адаптированная на русской почве. В немецком языке есть слово «Stuck» (штука, кусок) или «Stück» (произведение, часть), а также фамилия Stucke. Но суффикс «-енция» — совсем не немецкий, он латинский или польский (сравните: «аудиенция», «провинция»). Поэтому версия сложнее: Штукенция могла возникнуть в среде остзейских немцев или выходцев из Речи Посполитой, где к немецкой основе добавили польско-латинское окончание «-енция», придающее фамилии книжный, «учёный» оттенок.

Если отбросить латинское окончание, остаётся корень «штук-». В немецком «Stuck» — это не только «кусок», но и «штука» в значении «хитрость, проделка» (ср. «штукарь»). В польском «sztuka» означает «искусство» или «штука» (единица). Таким образом, прозвище Штука (или Штук) мог получить человек изобретательный, мастеровитый или, наоборот, склонный к проказам. А суффикс «-енция» в русских фамилиях встречается редко и чаще всего в фамилиях семинарского происхождения — так в духовных училищах «латинизировали» простые русские или немецкие фамилии, делая их более благозвучными для церковного обихода. Например, фамилия Попов могла превратиться в Попенция. Штукенция, скорее всего, прошла ту же обработку: немецкую основу «облагородили» латинским окончанием, чтобы она звучала солиднее.

Географически фамилия могла закрепиться на западе Российской империи — в Прибалтике, на Волыни или в Царстве Польском, где пересекались немецкие, польские и русские традиции. Встречается она и сегодня, но крайне редко. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Штукенции нет, что подтверждает её нетипичность. Скорее всего, это фамилия одного из двух типов: либо искусственная семинарская, либо «окаменевшая» форма прозвища, которую записал писарь, услышав от носителя что-то вроде «Штукенц» и добавив окончание «-ия» для благозвучия.

Сословно носитель такой фамилии мог относиться к духовенству (если это семинарская латинизация) или к обрусевшим немецким колонистам, которые получили фамилию по прозвищу предка. В любом случае, Штукенция — яркий пример того, как фамилия хранит следы культурного смешения: немецкое слово, латинский суффикс и русская грамматика.