Фамилия Штундеренко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — немецкая, а суффикс — украинский. Такое сочетание сразу указывает на сложную историю предков, скорее всего, связанную с переселением и религиозными течениями XIX века.

В основе фамилии лежит слово «штундер» (от нем. Stunde — час). В Российской империи так называли последователей штундизма — одного из направлений протестантизма, возникшего под влиянием немецких колонистов-меннонитов на юге России и Украины. Штундисты собирались на молитвенные часы (отсюда и название), отвергали иконы и обряды православной церкви. Прозвище «штундер» могло закрепиться за человеком, который придерживался этой веры, либо за его отцом, известным в округе своим инакомыслием.

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий, обозначающий потомка, сына или ученика. То есть Штундеренко — буквально «сын штундера». Такая модель образования фамилий (прозвище отца + -енко) была особенно распространена на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XIX веках. Таким образом, фамилия говорит не о ремесле или месте жительства, а о вероисповедании предка, что делает её редкой и идеологически окрашенной.

В отличие от более массовых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Штундеренко почти не встречается за пределами южных регионов бывшей Российской империи. Носители фамилии, вероятно, происходят из семей, которые либо сами были штундистами, либо получили прозвище от соседей-православных, относившихся к сектантам настороженно. В официальных документах XIX века такие прозвища могли записывать без привязки к реальной вере человека — просто как уличное имя.

Известных исторических деятелей с этой фамилией почти нет, что объяснимо: штундистов часто преследовали, и их потомки не стремились к публичности. Тем не менее, фамилия сохранилась, и сейчас её можно встретить в Украине и среди украинской диаспоры. Ономастические справочники, например работы Б. Унбегауна, относят подобные образования к группе фамилий, возникших от прозвищ по религиозному признаку, сравнивая их с Католиковым или Поповичем, но с явным немецким корнем.