Фамилия Штунько — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, до сих пор вызывает споры у этимологов. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ко, типичный для украинских и южнорусских фамилий. В XVII–XVIII веках в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины этот суффикс активно присоединяли к прозвищам, превращая их в родовые имена: Штунько — буквально «сын или потомок Штуня».

Корень штунь- в восточнославянских говорах неоднозначен. Самая прямая версия — от глагола «штукать» или «штундить», что в некоторых диалектах означало «бренчать», «стучать» или «издавать глухой звук». Тогда Штунь — человек, который постоянно чем-то гремит, работает с металлом или, возможно, музыкант, играющий на простом инструменте. Вторая версия связывает фамилию с немецким словом Stunde («час») — через сектантское движение штундистов, распространившееся на юге Российской империи в XIX веке. Однако эта гипотеза слабее: штундистами называли по вероисповеданию, и маловероятно, что фамилия пошла от религиозной группы, а не от бытового прозвища.

Есть и третья, более прозаичная линия. В польском и белорусском языках «штунь» или «штуня» — искажённое от «штука» в значении «вещь, предмет, штуковина». Прозвище Штунь могли дать человеку чудаковатому, любящему мастерить необычные вещи или торгующему мелкими товарами. Примечательно, что фамилия Штунько почти не встречается за пределами Украины и прилегающих областей России — её география плотно привязана к Черниговской, Полтавской и Сумской губерниям. Это подтверждает украинскую модель образования и бытовую, а не книжную природу корня.

Таким образом, предок носителя фамилии Штунько был, скорее всего, человеком с заметной манерой поведения — либо шумным работягой, либо необычным ремесленником, либо чудаком, которого в селе прозвали по его «штукам».