Фамилия Штунюк — типичный пример восточнославянской модели, где к основе прозвища прирос украинский или белорусский суффикс -юк. В польской и западноукраинской традиции этот суффикс означал «сын» или «потомок»: Штунюк буквально — «сын Штуня». Сама основа Штунь — это усечённая или диалектная форма от прозвища Штундер, а корень ведёт к немецкому Stunde — «час». В южнорусских и украинских говорах штундером называли сектанта, последователя штундизма (протестантского течения, появившегося в XIX веке среди немецких колонистов и распространившегося на юге Российской империи). Со временем слово перешло в разряд бытовых прозвищ: так могли окрестить истово верующего, набожного до фанатизма человека, либо того, кто держался обособленно, «не как все».

Вероятнее всего, фамилия сложилась именно на территории современной Украины или юго-западных областей Беларуси — зоне активного расселения немецких колонистов и контактов с ними. Суффикс -юк здесь продуктивен, а сама фамилия встречается редко, что говорит о локальном происхождении, возможно, из одного села или хутора. Второй, менее вероятный вариант: Штунь могло быть прозвищем человека с дефектом речи — от диалектного «штуня» (шепелявый, картавый). Но эта версия слабее, поскольку глагол «штунять» в значении «говорить невнятно» фиксируется лишь в северных говорах, а ареал фамилии — юго-западный.

В сословном плане предки Штунюков, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -юк редко встречались у дворянства, зато массово закреплялись за сельским населением в XIX веке, когда после отмены крепостного права прозвища превращались в официальные фамилии. Никаких громких исторических фигур с такой фамилией не известно, и это нормально: Штунюк — фамилия-свидетель, сохранившая память о прозвище, которое дали предку за его религиозное инакомыслие или, проще, за манеру говорить.