Фамилия Шуаков — редкий случай в русской ономастике, где за основу взято, скорее всего, тюркское или кавказское слово, а затем к нему приставили типичный русский патронимический суффикс -ов. Эта модель («иноязычное имя + -ов») встречается у многих фамилий, возникших на окраинах империи или в среде крещёных народов. В данном случае суффикс -ов указывает на принадлежность потомку человека по имени или прозвищу Шуак.

Самая вероятная версия происхождения основы — от тюркского имени Шуак, которое восходит к слову «шуа́к» (или «шуакъ») — «свет», «сияние», «луч». В ряде тюркских языков (казахском, ногайском, карачаево-балкарском) это имя давали ребёнку, родившемуся на рассвете, или желали ему светлой судьбы. Если предок носителя фамилии был мусульманином или язычником, принявшим православие, его могли записать в метрику как Шуак, а его дети уже получали фамилию Шуаковы.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с адыгским (черкесским) словом «шу» — «всадник», «конный воин». В этом случае Шуак может быть уменьшительно-ласкательной формой от адыгского имени, означающего «маленький всадник» или «сын воина». Однако такая трактовка менее убедительна, так как адыгские фамилии чаще образуются через суффиксы -уко, -ов, а не через -ак.

Географически фамилия Шуаков встречается в основном на Северном Кавказе (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия, Ставрополье) и в Поволжье, что подтверждает её тюркские или кавказские корни. В дореволюционных списках она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, в XIX — начале XX века, когда крестьянам и бывшим горцам массово присваивали фамилии по имени отца. Сословно предки Шуаковых могли быть как рядовыми общинниками, так и узденями (дворянами у горских народов), но чаще — крестьянами-скотоводами или воинами.

Интересная деталь: фамилия сохранила ударение на втором слоге — Шуа́ков, что свойственно именно тюркским заимствованиям, где ударение падает на последний слог основы. Если бы корень был исконно русским, ударение, скорее всего, сместилось бы на первый слог.