Фамилия Шубякова образована от прозвища или нецерковного имени Шубяк. В основе лежит слово «шуба» — верхняя меховая одежда. Однако прямое отождествление с портным-скорняком было бы слишком прямолинейным. В русской ономастике суффикс -як указывает на носителя признака: Шубяк — это человек, которого прозвали за любовь к щегольству в дорогой шубе, либо тот, кто постоянно ходил в ней, не снимая (например, в холодных северных регионах). Реже — ироничное прозвище человека, который, напротив, щеголял в плохой, поношенной шубе.

Фамилия типична для восточнославянской модели на -ов. Она означает «сын (или потомок) Шубяка». Встречается преимущественно в северных и центральных областях России, где слово «шуба» было в ходу, а фамилии на -яков (-яковых) фиксировали прозвища по характерной черте или предмету одежды. Например, в Вологодской и Архангельской губерниях такие прозвища не были редкостью.

Первое упоминание фамилии в письменных источниках относится к XVII веку. В переписных книгах встречаются крестьяне Шубяковы из вотчин Соловецкого монастыря. Сословно фамилия не была закреплена за дворянством: её носителями были крестьяне, посадские люди и однодворцы. В современной России фамилия Шубякова (женская форма) и Шубяков (мужская) распространена неравномерно, чаще всего встречается в Кировской, Нижегородской областях и в Пермском крае.