Фамилия Шубакова — женская форма фамилии Шубаков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Шубак. Основа здесь — «шуба», но не в современном бытовом значении дорогой верхней одежды. В древнерусском языке «шубой» называли не только меховую одежду, но и кожу, шкуру, а также меховую подкладку. Прозвище Шубак могли дать человеку, который шил шубы или торговал мехами, — то есть скорняку или купцу. Однако возможен и переносный смысл: «шубой» в некоторых говорах иронично называли человека медлительного, неповоротливого или, наоборот, того, кто кутается в тёплую одежду даже в тепле.

Суффикс -ак в основе Шубак (от «шуба» + -ак) характерен для прозвищ, образованных от названий предметов или профессий: ср. Рыбак, Кожемяка, Гусак. Такие прозвища часто закреплялись за людьми по роду занятий или характерной черте. Фамилия Шубаков, а значит и Шубакова, возникла в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были особенно живучи. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, а также в Поволжье — в местах, где было развито скорняжное дело и торговля мехами.

Интересно, что в некоторых старых документах встречается вариант написания «Шубакой» или «Шубаковъ» — с твёрдым знаком на конце, что указывает на окончательное оформление фамилии в XIX веке. Родственные фамилии — Шубин, Шубников — тоже образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Если сравнивать их, то Шубакова сохраняет более архаичную, прозвищную форму, прямо указывающую на конкретного человека по его занятию или повадке.