Фамилия Шубатова — женская форма мужской фамилии Шубатов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шубат, которое, скорее всего, происходит от слова «шуба». Тут не стоит торопиться с выводом, что предок был скорняком или торговцем мехами. В русских говорах «шубой» называли не только верхнюю одежду, но и овчинный полушубок, а также, в переносном смысле, — мохнатого, косматого человека. Прозвище Шубат могли дать человеку за густую шевелюру, бороду или за привычку кутаться в тёплую одежду.

Модель образования фамилии — патронимическая на -ов/-ев. Суффикс -ов присоединялся к основам, оканчивающимся на твёрдый согласный. Шубатов буквально означает «сын Шубата». Это типичная для XVI–XVII веков модель, когда фамилии формировались из бытовых прозвищ, а не из крестильных имён. Интересно, что в некоторых диалектах «шубат» могло быть искажением слова «шуват» — так в рязанских и тамбовских говорах называли неопрятного человека. Если это так, то фамилия несла не столько «меховой», сколько бытовой, характерологический смысл.

Географически фамилия Шубатовы тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в архивных записях по Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниям. Это косвенно подтверждает диалектную версию происхождения. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами.

В написании возможна путаница с фамилией Шубатов, Шубатовых, но форма Шубатова — это именно женский вариант, образованный по стандартной русской модели склонения. В дореволюционных метрических книгах можно встретить и вариант Шубатовъ, что не меняет этимологии.