Фамилия Шуенкова — женская форма фамилии Шуенков. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе мужской фамилии на -ов добавили окончание -а. Поэтому, чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант — Шуенков.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Шуенок. Суффикс -енок в русских фамилиях указывает на «молодое существо» или на принадлежность к кому-то: Шуенок — это, скорее всего, «сын Шуя» или «маленький Шуй». Само имя или прозвище Шуй могло быть связано с леворукостью (от древнерусского «шуй» — левый) или с названием реки Шуя, которая дала имя городу в Ивановской области. В старину «шуей» называли человека, который всё делает левой рукой, — это было заметное и потому часто используемое прозвище.

Вероятно, родоначальника Шуенковых в быту звали Шуем, а его сына — Шуенком (то есть «малый Шуй»). От этого уменьшительного имени и пошла фамилия. Фамилия Шуенков встречается в северных и центральных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях, где диалектное слово «шуй» было в ходу. Встречаются и варианты написания: Шуинков, Шуенков, что подтверждает народное произношение.

Таким образом, предки носительницы фамилии Шуенкова, скорее всего, были людьми из северных русских земель, и их родовое прозвище указывало на левшу или на человека, жившего на левом берегу реки. Никакого отношения к знати эта фамилия не имела — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в XVI–XVII веках.