Фамилия Шуенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая указывала на происхождение от отца или его прозвища. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был самым продуктивным способом образования фамилий на Левобережной и Слободской Украине, и Шуенко — одна из таких «младших» фамилий, означающая буквально «сын Шуя» или «маленький Шуй».

Основа фамилии — прозвище Шуй. В древнерусском языке слово «шуй» означало «левый». Прозвище Шуй давали левше — человеку, который всё делал левой рукой. В среде, где праворукость считалась нормой, левша выделялся, и такое прозвище было метким и запоминающимся. Реже Шуем могли назвать человека, который жил слева от дороги, реки или на левом берегу — в этом случае прозвище носило топографический оттенок.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с украинским диалектным словом «шуя» — так в некоторых говорах называли щуку. В таком случае прозвище Шуй мог получить рыбак или человек с вытянутой формой лица, напоминающей щучью морду. Но эта гипотеза слабее, так как слово «шуя» в значении «щука» не было повсеместным, а прозвище Шуй (левша) встречается в исторических документах чаще.

Фамилия Шуенко распространена преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани. В России она встречается реже, и её носители, как правило, имеют украинские корни. Социальный состав предков Шуенко — в основном казаки и крестьяне, поскольку именно в этих слоях фамилии на -енко были наиболее типичны.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «собратья»: Шуйко (с уменьшительным суффиксом -ко), Шуев (русская форма с суффиксом -ев) и Шуйский (дворянская фамилия, образованная от названия города Шуя). Шуенко стоит в этом ряду особняком, сохраняя чисто украинскую словообразовательную модель и указывая на прямую связь с прозвищем предка-левши.