Фамилия Шуенинов — редкий случай, когда основа читается неочевидно, а суффикс даёт ключ к разгадке. Формант -инов указывает на притяжательное прилагательное, образованное от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, к которому затем добавили -ов. Проще говоря, фамилия построена по схеме «чей? — Шуенин» + «чей сын? — Шуенинов». Исходная форма — Шуенин — означала «принадлежащий Шуене».

Кто же такой Шуеня? В русской антропонимии слово «шуя» исторически означало «левый», «левша». В говорах «шуйца» — левая рука. Прозвище Шуеня могли дать человеку, который всё делал левой рукой, был левшой, или же тому, кто жил на левом берегу реки, или даже имел какую-то особенность, связанную с левой стороной. В древнерусских документах XIV–XV веков фиксируются прозвища Шуйга, Шуйка, Шуя, а в основе фамилии Шуенинов лежит уменьшительная форма — Шуеня.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Шуя (город в Ивановской области). Но тогда фамилия обычно звучала бы как Шуйский (по модели князей Шуйских) или Шуев. Форма Шуенинов с уменьшительным суффиксом -еня тянет скорее к прозвищу, а не к географическому названию. К тому же суффикс -инов — довольно редкий для русских фамилий, он встречается в основном на севере и северо-востоке Руси (Архангельская, Вологодская губернии). Это косвенно подтверждает, что предки Шуениновых могли быть выходцами из тех мест, где прозвища на -еня были распространены.

В итоге: Шуенинов — «внук (потомок) Шуени», а сам Шуеня, скорее всего, был левшой или человеком с заметной «левой» приметой. Фамилия редкая, не попала в массовые реестры дворянства, что говорит о крестьянском или посадском происхождении её носителей.