Фамилия Шукатиров — редкий пример фамилии, образованной от глагола, причём от его повелительной формы. В основе лежит тюркское слово «шукат» или «шукать», которое в ряде тюркских языков (например, в каракалпакском, ногайском) означает «копать», «рыть», а в переносном смысле — «разыскивать», «добывать». Суффикс -ир- в данном случае — это формант, который преобразует глагольную основу в имя деятеля: «шукатир» — тот, кто копает, ищет, добывает.

Добавление русского патронимического суффикса -ов к основе «Шукатир» и дало фамилию Шукатиров. Такая модель — повелительное наклонение глагола плюс суффикс деятеля — встречается в тюркских языках и нередко становилась основой для прозвищ, которые затем русифицировались. Сравните с фамилиями Баймуратов (от «бай» + «мурат» — желание), где основа тоже глагольная, или с более редкими типами вроде Копаев (от «копать»), но здесь механизм образования иной.

Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Шукатир за конкретное занятие: он мог быть землекопом, рудокопом, колодезником или человеком, который разыскивал что-то ценное — воду, руду, клады. В тюркской среде Средней Азии и Нижнего Поволжья такие прозвища давали по ремеслу или по характеру работы. Регионально фамилия тяготеет к местам расселения каракалпаков, ногайцев и отчасти казахов, где глагол «шукат» был в ходу.

Встречается и альтернативная версия: от арабского имени Шукур (благодарность) через тюркскую адаптацию, но она слаба, потому что суффикс -ир- нехарактерен для арабских заимствований. Правдоподобнее всё же ремесленная основа. Фамилия Шукатиров — нечастая, её носители встречаются в основном в Оренбургской и Астраханской областях, а также среди казахской диаспоры.