Фамилия Шуханков — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность) и посмотреть на основу «Шуханк-». Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени, которое в русском языке подверглось фонетическим изменениям.

Наиболее вероятная версия связывает Шуханкова с тюркским или кавказским именем Шухан (или Шуха). В некоторых тюркских языках «шух» означает «весёлый», «бойкий», «шаловливый», а также может быть вариантом имени Шухаиб (арабского происхождения, означающего «пламенный», «красивый»). Имя Шухан встречается у осетин, чеченцев и других народов Кавказа. В русской среде такое имя могли дать человеку за живой нрав или получить как прозвище, которое затем закрепилось в фамилии через уменьшительную форму: Шухан → Шуханко (в украинской или южнорусской традиции) → Шуханков.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — связь с диалектным словом «шухан» или «шуха». В некоторых говорах так могли называть нечто рыхлое, пушистое (например, снег) или, наоборот, человека с неопрятной, взлохмаченной внешностью. Однако эта версия слабее, так как слово не зафиксировано в основных исторических словарях русских говоров.

С точки зрения словообразования, суффикс -к- в основе (Шуханк-) указывает на то, что фамилия произошла не напрямую от полного имени Шухан, а от его уменьшительной или пренебрежительной формы — Шуханка. Такая модель характерна для русских фамилий, образованных на юге России и в Украине: Шуханко — это человек, которого в быту звали Шуханкой. Затем, при русификации фамилии (переходе на -ов), она приобрела современный вид.

Таким образом, предок носителя фамилии Шуханков, скорее всего, получил прозвище Шухан — либо по имени, данному при крещении или в быту, либо по черте характера (весёлый, бойкий). Географически фамилия тяготеет к южным областям России и Поволжью, где было сильнее тюркское влияние. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного рода, носившего это прозвище.