Фамилия Шуханов образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы, оканчивающейся на согласный, плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шухана). Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Шухан».

Здесь есть две основные версии. Первая — тюркская. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «шухан» или близкие к нему формы означают «начальник», «предводитель», «господин». Это могло быть прозвищем, данным либо за характер, либо за положение в общине. Учитывая, что на Руси фамилии на -ов часто давали по прозвищам отца, а тюркские заимствования в русских фамилиях (особенно в Поволжье и Приуралье) — явление массовое, эта версия выглядит самой прямой и правдоподобной.

Вторая версия — от русского календарного имени. В святцах встречается редкое имя Шуха (возможно, сокращение от имени Шушаника или другой греческой формы). В таком случае Шуханов — отчество от уменьшительного Шуха. Но эта гипотеза слабее: календарное имя Шуха настолько редкое, что почти не оставило следов в документах, в отличие от тюркского прозвища.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ов указывает на великорусскую, а не украинскую или белорусскую среду. Географически Шухановы чаще встречаются в регионах с татарским и башкирским населением — в Оренбургской, Челябинской областях, Татарстане, Башкортостане. Это дополнительно подтверждает тюркскую версию: фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или русских, живших в смешанных районах.

В старых писцовых книгах фамилия почти не зафиксирована — это говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда прозвище Шухан перешло в фамилию у крестьян и служилых людей. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет.

Таким образом, с высокой вероятностью предок носителя фамилии Шуханов получил прозвище за властный или начальственный нрав, либо за реальное положение — старосты, сотника, главы общины. В основе лежит тюркское слово, адаптированное русским суффиксом.