Фамилия Шухтинов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана с личным именем или профессией, а восходит к прозвищу по внешнему признаку или поведению. В её основе лежит слово «шухта» или «шухтый». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шухта» означала «мохнатая шапка», «шапка с длинными ушами» или просто «лохматый, взлохмаченный человек». Человека могли прозвать Шухтой за растрёпанные волосы, неопрятный вид или за то, что он постоянно носил меховой головной убор. Реже «шухта» фиксируется как диалектное название рыхлого снега или наста, но прозвище по этому значению маловероятно.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. Шухтинов буквально означает «сын Шухты» или «принадлежащий Шухте». Форма с суффиксом -ин, а не -ов, подсказывает, что прозвище имело женский или уменьшительный вариант (Шухта, а не Шухт), либо что фамилия закрепилась в среде, где -ин был продуктивнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Архангельской областях, а также в Поволжье. Стоит отличать Шухтинова от похожих фамилий на -ев: например, Шухтин или Шухтов могут быть связаны с топонимом Шухта (несколько деревень с таким названием есть в бывшей Новгородской губернии). Шухтинов же — более архаичная патронимическая форма, завязанная именно на прозвище.

Другие версии происхождения слабее. Связь с тюркским корнем «шух» (весёлый, бойкий) или с немецким «Schucht» (пугало) не находит подтверждения в русской ономастике: суффикс -ин для таких заимствований нехарактерен, а сама фамилия не отмечена в районах активных контактов с тюрками или немцами. Таким образом, самая правдоподобная версия — прозвище по внешности, данное лохматому или неряшливому человеку.