Фамилия Шухтов образована от прозвища или нецерковного имени Шухт. В её основе лежит диалектное слово, которое в разных говорах имело непохожие значения — от «пугала, чучела» до «плута, проныры». Северные и уральские говоры знали «шухту» как нечто ветхое, ненадёжное или как пустое, вздорное дело. В этом случае прозвище могли дать либо неряшливому человеку, либо пустомеле. Но есть и другая версия: в рязанских и тульских говорах «шухта» означала «крик, шум, суета». Тогда Шухтом называли крикливого, беспокойного человека.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Шухт, указав на принадлежность — «сын Шухта» или «из семьи Шухта». Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская, и её география подтверждает это. Шухтовы встречаются в основном в бывших Владимирской, Костромской и Вятской губерниях — регионах, где слово «шухта» в значении «суета» было в ходу.

Редкий вариант — Шухтов с ударением на первый слог, что может указывать на местный говор. Фамилия не получила широкого распространения, и это делает её ценной для генеалогии: найти Шухтовых в дореволюционных метриках проще, чем Ивановых, так как носителей было мало и они жили компактно.

Спорный корень — возможная связь с немецким Schucht (болотистый луг) или еврейским шухт (резник). Но для русского контекста эти версии слабы: фамилия Шухтов встречается в центральной России задолго до массовых переселений немцев или евреев, а её словообразовательная модель — чисто русская.