Фамилия Шуклаева — женская форма фамилии Шуклаев, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — прозвище или мирское имя Шуклай. Слово «шуклый» в русских говорах, особенно северных и вологодских, означало «хилый, тщедушный, слабосильный» или «неказистый, щуплый». Человек невысокого роста или болезненного вида мог получить прозвище Шуклай, которое затем закрепилось за его потомками.

Суффикс -ев указывает на типичную модель русских фамилий со значением принадлежности: «чей?» — «Шуклаев», то есть сын или потомок Шуклая. В отличие от более распространённого -ов, суффикс -ев появляется после мягких согласных или шипящих в основе, что и произошло в этом случае. По этой же модели образованы фамилии Шустов, Шурыгин, но с другим суффиксом.

Географически фамилия Шуклаева встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Костромской, Вологодской и Кировской областях. Это согласуется с диалектной лексикой: слово «шуклый» как раз фиксируется в севернорусских говорах. Встречаются варианты написания с буквой «ё» — Шукляев, но это скорее исключение, связанное с местным произношением.

Есть и менее вероятная гипотеза: связь с тюркским словом «шукла» (смуглый, темнокожий) или с именем Шуклай, которое могло быть заимствовано у татар или башкир. Однако для русской фамилии Шуклаева такая версия слаба: основа нехарактерна для тюркского имяслова, а ареал бытования фамилии — исконно русские области. Поэтому прозвище от прилагательного «шуклый» остаётся основным и самым правдоподобным объяснением.

Носители фамилии — в основном крестьянские семьи из северных губерний. Сведений о дворянских родах с такой фамилией нет. В документах XIX века Шуклаевы встречаются среди государственных крестьян и мещан, что подтверждает простонародное происхождение.