Фамилия Шукутин — хороший пример того, как за привычным для русского уха окончанием может скрываться нерусская основа. На первый взгляд, типичный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — шукутин, то есть сын или человек Шукуты. Но вот само прозвище Шукута — это не исконно славянское слово, а, скорее всего, адаптация тюркского имени.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское имя Шукут (или Шукуттай), которое восходит к арабскому «шукур» — «благодарность», «благодарение». В татарской и башкирской среде имя Шукут (иногда в форме Шукутдин) было распространено. Русский суффикс -а превратил его в бытовое прозвище Шукута, а затем добавился и фамильный -ин. Таким образом, Шукутин — это русифицированная фамилия, образованная от тюркского имени с религиозным (исламским) значением.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «шукута» или «шукутный». В некоторых говорах это означало нечто щуплое, хилое или, наоборот, суетливое. Однако эта гипотеза слабая: слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров как распространенное, а фамилия имеет четкую географическую привязку к регионам, где исторически жили тюркские народы (Поволжье, Урал).

Фамилия встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. В дореволюционных метрических книгах Шукутины записаны и как крестьяне, и как мещане, но чаще всего — как государственные крестьяне из татарских или башкирских селений.

По модели образования фамилия Шукутин аналогична многим другим русским фамилиям от тюркских корней: Абдулин, Булатов, Мурзин. Отличие лишь в том, что основа Шукут- встречается реже, чем, скажем, Абдул- или Булат-, поэтому фамилия не столь распространена, но при этом хорошо сохранила память о личном имени предка.