Фамилия Шукулин — относительно редкая, и её значение напрямую зависит от того, какой корень лёг в основу. В русской ономастике чаще всего её связывают с прозвищем, образованным от тюркского слова «шукур» (благодарность, хвала). В татарском, башкирском и других тюркских языках «шукур» или «шокыр» — это арабизм, означающий «благодарение»; нередко оно входило в состав личных имён (Шукур, Шукуралла). Соответственно, Шукулиным могли прозвать человека, который часто благодарил, или же потомка того, кто носил имя с этим корнем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шукулин, то есть сын или потомок Шукулы. Сама форма «Шукула» — это русская переделка тюркского имени Шукур, адаптированная под славянскую морфологию (с окончанием -а, как Ваня, Петя). Такие фамилии типичны для регионов с долгой историей русско-тюркского взаимодействия: Поволжье, Приуралье, южные уезды. Встречаются Шукулины и среди русских, и среди крещёных татар, и у башкир.

Есть и другая, менее вероятная версия: от старого русского слова «шука» (щука) с диалектным чередованием «к/ч». В некоторых говорах «шукула» могли назвать рыбака или человека с вытянутым, «щучьим» лицом. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от названий рыб обычно сохраняют исходную основу (Щукин, Щучкин), а форма «Шукулин» явно тяготеет к тюркскому корню.

В документах фамилия фиксируется с XVIII века, в основном в Астраханской, Казанской и Оренбургской губерниях. Носители были преимущественно крестьянами и мещанами, реже — служилыми людьми из татарских мурз. Известных общедеятелей с этой фамилией в истории нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.