Фамилия Шкулин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шкулин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шкула. Такая модель типична для центральных и северных областей России, где -ин конкурировал с южнорусским -ов и часто побеждал.

Основа фамилии — прозвище Шкула. В русских говорах у этого слова несколько значений, и все они сводят к одному: человеку, имевшему отношение к шкуре. Шкулой могли назвать кожевника — мастера, который выделывал шкуры и кожи. В деревнях кожевенное ремесло было и прибыльным, и грязным, и давало множество прозвищ: от Кожемяки до Шкулы. Но прозвище могло закрепиться и за скупщиком шкур, и за человеком, который торговал мехом.

Вторая версия, менее очевидная, но не менее интересная: в некоторых диалектах «шкула» означала «сварливый, придирчивый человек» или «скряга». Переносный смысл отталкивался от той же шкуры — как от чего-то грубого, жёсткого или от умения «драть три шкуры». В ономастической литературе, например в работах Б. Унбегауна, не раз отмечалось, что прозвища по ремеслу (как Ткач, Кузнец, Шкула) давали целые династии, и фамилии на -ин от них — одни из древнейших.

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия Шкулин не относится к числу редких, но её заметная концентрация зафиксирована в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает ремесленную версию: в этих регионах исторически было развито кожевенное и скорняжное дело, а прозвища мастеров легко переходили в фамилии.

Однокоренные фамилии — Шкулов, Шкуратов, Шкуркин, Шкурин. Интересно, что вариант Шкулин стоит особняком: суффикс -ин здесь не просто патронимический, он напрямую прикреплён к прозвищу, а не к имени. Это значит, что родоначальник Шкулиных, скорее всего, был не сыном человека по имени Шкула, а сам носил это прозвище при жизни, и уже его дети стали Шкулиными.