Фамилия Шкуленко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев: он указывает на происхождение, чаще всего по отцу, и буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». В данном случае основа — Шкул-.

С корнем сложнее. Самая прямая версия связывает фамилию с украинским словом «шкула» — так в некоторых говорах называли скулу, челюсть, а также человека с выдающимися скулами или острым подбородком. Прозвище Шкула могли дать по характерной внешности. В пользу этой версии говорит то, что в украинских фамилиях на -енко прозвища по частям лица встречаются часто, а «шкула» — слово живое, хоть и диалектное.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — от глагола «шкулити» (скулить, плакать, ныть). Тогда Шкула — прозвище плаксивого или жалующегося человека. В этом случае фамилия Шкуленко попадает в ряд украинских фамилий, образованных от прозвищ по поведению.

Стоит отбросить версию о связи со словом «шкура»: фонетически это разные корни, и украинское «шкура» дало бы фамилии Шкуренко, Шкурко, но не Шкуленко.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкасской и Полтавской — классическому ареалу фамилий на -енко. В России встречается редко, в основном как след переселения украинцев в XVIII–XIX веках.

Социальный контекст: фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были распространены среди казачества и крестьянства, но не указывали на знатность. Шкуленко — типичная фамилия человека из простонародья, получившего её по уличному прозвищу отца или деда.