Фамилия Шкула — редкий пример, где за основу взято не имя и не ремесло, а, скорее всего, прозвище по внешности или характеру. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, эта стоит в чистой, неоформленной суффиксом форме, что указывает на её украинское или белорусское происхождение. В этих языках слово «шкула» (или «скула») означает «скула» — лицевая кость. Прозвище Шкула могли дать человеку с широкими, выступающими скулами — такая деталь внешности сразу бросалась в глаза и легко закреплялась в качестве уличного имени.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, выводит фамилию из диалектного глагола «шкулить» — плакать, хныкать, скулить. Тогда Шкула — это плакса, нытик. Однако в ономастике принято сначала проверять самую прямую семантику корня, и «скула» как часть лица выглядит надёжнее: прозвища по чертам лица — один из древнейших пластов русских и украинских фамилий (сравните Губа, Нос, Щека).

Фамилия фиксируется преимущественно на западе и юге России, а также в восточных областях Украины. География подсказывает, что её носители — потомки крестьян или казаков, поскольку в дворянской среде такие «голые» прозвищные фамилии без суффикса почти не встречались. Интересная деталь: в некоторых говорах слово «шкула» могло означать не только скулу, но и щель, расселину — тогда прозвище могло относиться к человеку, живущему у оврага или на краю деревни, но эта версия остаётся локальной и спорной.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что не обросла типичными родовыми суффиксами. Если бы предок был из центральной России, фамилия скорее приняла бы форму Шкулин (чей? — сын Шкулы). Сохранение формы Шкула говорит о том, что семья долго жила в среде, где фамилии закреплялись в именительном падеже — это характерно для украинской и белорусской традиции, а также для казачьих областей. Сравните с однокоренными, но более поздними фамилиями Шкулёв или Шкулов — они уже явно прошли через великорусскую модель на -ов.