Фамилия Шкультин образована от прозвища Шкульта. Оно же, скорее всего, восходит к старобелорусскому слову «шкульта», которое переводится как «речное судно». Вполне вероятно, что это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии Шкультин был судостроителем или моряком. Согласно другой гипотезе, прозвище Шкульта этимологически связано с русским глаголом «шкулить», то есть «копить деньги». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Шкультиных был бережливым, хозяйственным человеком. Представители фамилии Шкультин встречаются в различных Книгах памяти. Так, например, в Памятной книге Псковской области упоминаются Григорий Иванович Шкультин (р. 1883), Михаил Егорович Шкультин (р. 1906), Николай Егорович Шкультин (р. 1903), проживавшие в деревне Козлове Усвятского района. Так и прозвище Шкульта закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шкультин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкульта, со временем получил фамилию Шкультин.