Фамилия Шикулин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс, как правило, присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и указывал на родство: «чей?» — Шикулин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Шикула.

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Шикула. Его происхождение спорно, и здесь есть две основные версии. Первая, самая вероятная, связывает Шикулу с диалектным словом «шикать» — в ряде говоров это означало «шипеть», «шуметь», «кричать» или «браниться». В этом случае Шикулой могли прозвать человека крикливого, вздорного или, наоборот, того, кто шикал на других, призывая к тишине. Вторая версия выводит Шикулу из уменьшительной формы крестильного имени Шиха (от Шихаил, древнееврейского «дар Бога») или же от редкого имени Шика (возможное сокращение от Шикарь, Шикар). Однако эта гипотеза менее убедительна, так как имя Шиха и его производные встречаются в русской ономастике крайне редко, в основном в южных и западных областях.

Географически фамилия Шикулин наиболее характерна для центральных и южных регионов России, особенно для Курской, Воронежской и Ростовской областей. Встречается она и на Урале, куда попала с переселенцами. Интересно, что в старых писцовых книгах XVII века фигурируют крестьяне и посадские люди с прозвищем Шикула — это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде простого народа, а не в дворянских родах. Дворянских гербов с этой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, предки современных Шикулиных с большой долей вероятности были людьми незнатного происхождения — крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору», получившими фамилию по прозвищу, которое отражало либо особенность характера, либо манеру поведения. Фамилия сохранила в себе живую народную речь, где слово «шикула» звучало ёмко и метко.