Фамилия Шайкулин — одна из тех русских фамилий, где за привычным окончанием скрывается тюркское имя. Основа здесь — мужское имя Шайкул, распространённое у татар и башкир. В тюркских языках «шай» может означать «уважаемый», «достойный» (иногда как часть сложных имён, восходящая к арабскому «шайх» — старейшина, наставник), а «кул» — «раб божий» или «слуга». Вместе имя Шайкул примерно переводится как «почтенный слуга» или «раб уважаемого», что в мусульманской традиции звучало как похвала смирению перед Богом.

Суффикс -ин указывает на русскую модель образования фамилий от имён и прозвищ на -а/-я: Шайкул → Шайкула → Шайкулин. Буквально это значит «сын Шайкула» или «из семьи Шайкула». Такая форма типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар или в смешанных русско-тюркских регионах Поволжья и Приуралья. Носители фамилии чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться иначе — встречаются варианты Шайкулов (с более распространённым суффиксом -ов) или Шайкуллин (с двойным «л», характерным для татарской передачи). Форма Шайкулин закрепилась, вероятно, при русификации, когда конечный «л» в имени смягчили, и фамилия вписалась в ряд типичных русских фамилий вроде «Михайлин» или «Гаврилин».

Родственные фамилии — Шайкулов, Шаймухаметов, Шаймарданов — построены по тому же принципу: «шай-» плюс другое имя. Если ваш предок носил имя Шайкул, он мог быть крестьянином, ремесленником или служилым человеком из татарских или башкирских родов, перешедших в православие. Точных данных о сословной принадлежности всех Шайкулиных нет, но география фамилии указывает на её корни в волжско-уральском регионе.