Фамилия Шукулюкова — редкая и сложная для однозначной трактовки. Её структура указывает на то, что она образована от прозвища или имени через суффикс -ов(-а), что типично для русских фамилий, но основа явно не славянского происхождения. Скорее всего, это русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Шукул или Шукулла. В тюркских языках (особенно в кумыкском, ногайском, крымскотатарском) имя Шукулла может быть вариантом арабского «Шукур» (благодарность) с добавлением «Алла» — «Благодарность Аллаху». Суффикс -юк (в форме Шукулюк) мог появиться как уменьшительно-ласкательный или как показатель принадлежности к роду (сын Шукула). Тогда фамилия буквально значит «потомок Шукула» или «принадлежащий Шукулу».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с карачаево-балкарским словом «шукул» (острый, проницательный, хитрый). В этом случае прозвище Шукулюк могли дать человеку с острым умом или характером. Фамилии на -юковы встречаются у балкарцев и карачаевцев, поэтому региональная привязка к Северному Кавказу (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия) выглядит правдоподобной.

Важно отметить, что финальное -а в женском варианте Шукулюкова не меняет сути: это стандартная русская грамматическая форма для женщин. Мужской вариант фамилии — Шукулюков. Встречаются также варианты написания с одной «л» (Шукулюков) и с двумя (Шукулюков), что связано с особенностями передачи тюркских звуков на письме. Носители фамилии сегодня живут не только на Кавказе, но и в центральной России, куда фамилия попала в результате миграций XX века.