Фамилия Шулухин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шулуха — «сын Шулухи» или «человек из рода Шулухи». Основа фамилии — слово «шулух» или «шулуха», и здесь начинается самое интересное.

В русских говорах, особенно южных и донских, «шулуха» — это кожура, шелуха, лузга. Человека могли прозвать Шулухой за неопрятность или, наоборот, за тонкую, «шелушащуюся» кожу. Но есть и другая, более конкретная версия, связанная с ремеслом. В тех же говорах «шулух» — обдирка, отходы при обработке зерна или льна. Прозвище Шулуха мог получить мельник, крупорушник или тот, кто занимался обдиркой зерна на крупу. Эта версия выглядит правдоподобнее: прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешним признакам, и они легче закреплялись в фамилиях.

Редкий суффиксальный вариант — не -ов, а -ин — намекает на то, что основа оканчивалась на -а или -я. Фамилия Шулухин — типично русская, сформировавшаяся в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были обиходными. В дворянских родах такая фамилия не встречается.

Географически фамилия тяготеет к югу России. В документах XVII–XVIII веков Шулухины фиксируются среди служилых людей и крестьян на территории современной Воронежской, Тамбовской, Ростовской областей. Встречается также однокоренная фамилия Шелухин — с более прозрачной «шелухой», но Шулухин сохранила диалектное произношение.

Если отталкиваться от прозвища «шулуха» в значении «обдирщик», то предок носителя фамилии был скорее всего занят в переработке зерна или лубяных культур. Точных данных о сословной принадлежности Шулухиных нет, но суффикс -ин и отсутствие в родословных книгах указывают на крестьянское или однодворческое происхождение.