Фамилия Шалухин образована от прозвища Шалуха, в основе которого лежит аналогичное нарицательное. Шалухой раньше называли резвого, шального человека, повесу, сорвиголову. Однако, в некоторых областях так называли бестолковых, необразованных людей, или неопытного мастера. Согласно другой версии, фамилия Шалухин — это вариант фамилии Шелухин. Чередование гласных е/а стало результатом влияния «акающих» говоров. В этом случае фамилия образована от прозвища Шелуха: так в тамбовских и калужских говорах называли человека, обдирающего на ручных или конных жерновах гречиху на мелкую продажу, а также лабазника, мучника. Кроме того, в ярославских говорах шелухой называли рыбью чешую. Поэтому прозвище Шелуха также мог получить рыбак или повар.