Фамилия Шалухова — женская форма мужской фамилии Шалухов, и её происхождение связано с редкой и неочевидной словообразовательной моделью. В отличие от типичных фамилий на -ов/-ев, образованных от полных церковных имён (Иванов, Петров), Шалухов явно восходит не к каноническому имени, а к прозвищу или диалектному слову. Основа «Шалух» — это, скорее всего, вариант прозвища Шалун. В русских говорах слово «шалуха» могло обозначать не только озорника, но и человека с буйным, непредсказуемым нравом, а иногда — и просто «сорванца» или «баловника». Однако суффикс -ух- в прозвищах встречается редко и обычно указывает на экспрессивную, грубоватую или уменьшительно-пренебрежительную окраску (ср. «воробуха» от «воробей»). Таким образом, Шалух — это не столько «шалун», сколько «тот, кто постоянно шалит», «озорник с оттенком простонародности».

Географически фамилия Шалухов (и Шалухова) тяготеет к южнорусским и, возможно, украинским регионам. Подобные прозвища с суффиксом -ух- чаще фиксируются в курских, орловских и воронежских говорах, а также на Слобожанщине. Это позволяет предполагать, что первый носитель фамилии жил не в центральной России, а в зоне смешения русских и украинских диалектов, где прозвища с таким суффиксом были более употребительны.

Сам прозвищный корень — «шал-» — связан не только с «шалостью», но и с древнерусским глаголом «шалити» (бедокурить, дурманить, обманывать). В некоторых говорах «шала» означала «дурак» или «шут», а «шалуха» — «женщина лёгкого поведения» или «пустая, взбалмошная особа». Однако применительно к мужскому прозвищу Шалух наиболее вероятно значение «озорник, проказник, человек с несерьёзным характером». Фамилия не несёт оскорбительного смысла, но указывает на яркую поведенческую черту — предок носительницы фамилии, скорее всего, был известен в своей общине как человек непоседливый, любящий подшутить или не подчиняющийся строгим порядкам.

В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (например, Шалин от Шаля), Шалухов закрепил прозвище в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов, что стандартно для мужских прозвищ и имён, оканчивающихся на твёрдый согласный (Шалух → Шалухов). Вариант Шалухин встречается реже, но тоже возможен, если исходное прозвище произносилось с мягким окончанием. Для современного носителя фамилия Шалухова звучит узнаваемо и не вызывает ассоциаций с чем-то негативным, хотя её корни уходят в народную, неофициальную сферу именования, где ценилась меткость, а не благозвучие.