Фамилия Шулупенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -ко, -ченко, -енко) изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Шулупенко — это буквально «сын Шулупы» или «потомок Шулупы».

Самое интересное — основа «Шулуп». Это прозвище, которое могло возникнуть в диалектной украинской или южнорусской среде. Слово «шулупа» (или «шулуп») в украинских говорах имеет несколько значений. Наиболее вероятное — «скорлупа», «шелуха», «кожура» (отсюда и глагол «шулупити» — чистить, лущить). Прозвище Шулупа могли дать человеку за неопрятный вид, за склонность к пустым разговорам (как «шелуха» — нечто пустое, несущественное), либо же по роду занятий — например, тому, кто постоянно чистил зерно, лущил орехи или работал с кожурой.

Менее распространённая, но правдоподобная версия: «шулупа» в некоторых диалектах — это бранное или шутливое прозвище для тощего, худого человека, как «щепка» или «лучина». В этом случае прозвище описывало внешность.

Фамилия Шулупенко характерна для центральной и восточной Украины, а также для юга России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение прозвища. В дореволюционных документах можно найти варианты написания: Шулупенко, Шулупенков (обрусевшая форма с русским суффиксом -ов), а также Шулупа (как исходное прозвище, от которого пошла фамилия).

Сословно фамилия не маркирована: Шулупенко — это фамилия крестьянского или казачьего происхождения. В реестрах запорожских казаков или в метрических книгах Полтавщины и Черниговщины такие прозвища встречаются, но не входят в число самых распространённых. Если искать однокоренные параллели, то можно вспомнить фамилию Шелупенко (от «шелуха») — это фонетический и смысловой аналог, но с другим корнем. Шулупенко стоит особняком именно из-за диалектного звучания основы.