Фамилия Шунеева — женская форма фамилии Шунеев, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа Шуней- не встречается в святцах. Это значит, что перед нами либо прозвище, либо адаптация заимствованного слова, либо диалектное имя.

Самый вероятный путь — от тюркского или кавказского имени Шуней (Шунай). В башкирской, татарской и ногайской ономастике имя Шунай (Шуней) фиксируется как личное: оно могло означать «радость», «подарок» или быть связанным с числительным «левый» (в значении «рождённый не в срок»). Русские фамилии с таким корнем часто встречаются в Поволжье и на Урале, где было активно тюрко-славянское смешение. В этом случае Шунеев — «сын Шунея», а суффикс -ев указывает на принадлежность к роду.

Менее распространённая, но возможная версия — от русского диалектного глагола «шунять» (журить, бранить, усмирять). В некоторых говорах «шуня» — ворчун или тот, кто наводит порядок. Тогда Шунеев — потомок человека по прозвищу Шуня или Шуней. Однако такая основа редка, и в словарях русских прозвищ она почти не встречается, поэтому версия с тюркским именем выглядит убедительнее.

Фамилия Шунеева — нечастая. По географии носители встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане, что косвенно подтверждает восточное происхождение. В дореволюционных метрических книгах Шунеевы записаны как государственные крестьяне и мещане — то есть предки были свободными земледельцами или ремесленниками, а не дворянами. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что типично для фамилий, образованных от народных имён.