Фамилия Шунейко звучит на белорусский или украинский лад, и это первая подсказка. Суффикс -ко (или -енко) — один из самых распространённых в восточнославянской ономастике. Он означает «сын», «потомок» или «маленький». В случае Шунейко основа — Шуней, а суффикс -ко добавляет значение принадлежности: «сын Шунея» или «потомок Шунея».

Сама основа Шуней — это, скорее всего, производная форма от личного имени или прозвища. В белорусском языке есть уменьшительная форма Шуня от имени Александр (через Шура). По этой модели Шуней могло означать «маленький Шуня» или «сын Шуни». В украинском языке встречается прозвище Шуня, связанное с глаголом «шуняти» — «шарить», «рыскать» (о человеке непоседливом или любопытном). Обе версии правдоподобны: первая — типичная модель от крестильного имени, вторая — редкое прозвище по характеру.

Географически фамилия Шунейко чаще всего встречается в Беларуси, особенно в Гродненской и Минской областях, а также в приграничных районах Украины (Волынь, Полесье). Это указывает на западнорусское происхождение. В России фамилия редкая, её носители — потомки переселенцев с этих земель.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно фамилии на -ко образуются от полных имён (Иван — Иваненко, Петр — Петренко). Здесь же основа — краткая, почти ласкательная форма, что говорит о неформальном, бытовом происхождении прозвища. Предки носителя фамилии, вероятно, жили в сельской общине, где человека называли не по отцу, а по домашнему имени Шуней, и уже от этого имени пошла фамилия для его детей.

В сословном плане фамилия не указывает на дворянство: суффикс -ко в белорусской традиции был характерен для крестьян и мещан. Никаких следов в старых родословных книгах у неё нет.