Фамилия Шунейкин звучит необычно, и это не случайно: в её основе лежит редкая, почти исчезнувшая форма имени. Скорее всего, это патроним, образованный от имени Шунейка. Имя это — просторечный, «домашний» вариант крестильного имени Симеон (в русской традиции — Семён). Подобные формы с суффиксом -ейк(а) (как Тимоха — Тимошка — Тимошейка) были типичны для северных и центральных говоров. Шунейка — это то же, что и Семён, но в ласково-пренебрежительной, бытовой огласовке.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шунейкин, то есть сын Шунейки. Модель образования типична для русских фамилий, но основа нестандартна. Переход «Семён» → «Шунейка» объясняется диалектной фонетикой: в некоторых говорах начальное «с» перед мягким гласным могло заменяться на «ш» (ср. «сёдни» и «шёдни»), а «м» под влиянием мягкости переходило в «н». Так из Семейки (от Семён) получился Шунейка.

Есть и менее вероятная, но всё же возможная версия. В южнорусских говорах слово «шуня» (или «шунька») означало нечто вроде «хитрец», «плут», «тихоня с выгодой». В этом случае фамилия могла произойти от прозвища Шунейка — человека с таким характером. Однако первая гипотеза (от имени Семён) выглядит убедительнее, поскольку имя Шунейка действительно фиксируется в исторических документах, например, в переписных книгах Новгородской земли XVII века.

Фамилия Шунейкин — редкая и географически привязанная. Основной ареал её бытования — Нижегородская область и соседние регионы, где такие диалектные формы имён были в ходу. Встречается она и в Мордовии, что косвенно подтверждает её русское, а не финно-угорское происхождение: русские переселенцы принесли эту фамилию на восток.

Если ваш предок носил фамилию Шунейкин, он почти наверняка был из крестьянской или посадской среды. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Носитель её, скорее всего, был сыном простого человека по имени Шунейка, которого в церковных книгах могли записывать официально как Симеона или Семёна. Фамилия сохранила именно ту, бытовую, «непарадную» форму имени, которую использовали в повседневной жизни.