Фамилия Шупейко звучит как типичная восточнославянская, но в ней есть одна деталь, которая сразу выдает её географию. Это суффикс -ейко. Он характерен для белорусской и, чуть реже, украинской ономастики. В русских фамилиях такой формант почти не встречается: он указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму, которая закрепилась за родоначальником. То есть Шупейко — это «маленький Шупа» или «сын Шупы».

Корень фамилии — шуп-. В русском языке есть слово «шупать», то есть ощупывать, искать вслепую. От него образовалось прозвище Шупа — так могли назвать человека, который всё трогает руками, суетливого, или, наоборот, того, кто работает на ощупь, например, в темноте или с плохим зрением. В украинских и белорусских говорах слово «шупати» тоже означает «щупать», но есть и более узкое значение: «шарить, искать украдкой». Поэтому прозвище могло закрепиться за вороватым или любопытным человеком.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В польском языке «szupa» означает «сарай, клеть» или «хлев». В белорусских землях, которые долго находились под влиянием Речи Посполитой, это слово могло войти в обиход. Тогда Шупа — это человек, живший при сарае, сторож или крестьянин, чей дом стоял рядом с хозяйственной постройкой. Поскольку фамилия западного происхождения, эта версия не лишена оснований.

Фамилия Шупейко почти не встречается в центральной России. Её ареал — Гродненская, Брестская, Минская области Беларуси, а также Волынская и Ровенская области Украины. В дореволюционных переписях носители этой фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, без дворянского статуса. Суффикс -ейко в белорусской традиции часто добавляли к прозвищам, и со временем такие фамилии становились наследственными, не меняясь по сословию.

Встречаются и варианты написания — Шупейко, Шупайко, Шупейка. Последний вариант — украинизированная форма, где окончание -а вместо -о. Но основа во всех случаях одна: прозвище от «щупать» или, реже, от польского «szupa». Первая версия кажется более правдоподобной, потому что глагол широко распространён во всех восточнославянских языках, а вот польское заимствование могло сохраниться только в узкой местности.