Фамилия Шуненков, вероятно, восходит к имени Шуня, которое является разговорной формой имени Александр. Это одно из самых популярных мужских имён, в переводе с греческого означающее «защитник людей». Со временем, вероятно, род Шуненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.