Фамилия Шуненков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Шуненков послужило церковное имя Александр. Фамилия Шуненков, вероятно, восходит к имени Шуня, которое является разговорной формой имени Александр. Это одно из самых популярных мужских имён, в переводе с греческого означающее «защитник людей». Скорее всего, фамилия Шуненков изначально возникла  на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Шуненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. О точном месте и времени возникновения фамилии Шуненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шуненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.