Фамилия Шуников — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять значение, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую форму: «чей?» — Шуников, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Шуник. Основа здесь — Шуник.

Самая вероятная версия связывает Шуника с диалектным словом «шуня» или «шуник». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шуня» — это прозвище для того, кто шушукается, шепчется, или для тихого, скрытного человека. В некоторых областях «шуником» могли называть и неряху, неопрятного человека. Таким образом, прозвище Шуник давали по заметной черте характера или внешности: либо за молчаливость и привычку говорить вполголоса, либо за небрежность в одежде. Суффикс -ик в основе — уменьшительный, он мог придавать прозвищу оттенок бытовой фамильярности.

Менее распространённая, но не исключённая версия — происхождение от тюркского имени или слова. В тюркских языках корень «шун» может означать «слава», «известность», а суффикс -ик — принадлежность. В таком случае Шуник — это адаптированное на русской почве личное имя, которое потом закрепилось как родовое прозвище. Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилия Шуников не имеет выраженной географической привязки к регионам активных тюрко-славянских контактов, в отличие, скажем, от фамилий на -ев от тюркских основ.

Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей — прозвища, лёгшие в её основу, характерны для бытовой, недворянской среды. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии на -ов от прозвищ с уменьшительными суффиксами встречаются повсеместно, но «Шуников» не относится к числу массовых. Это фамилия, которая сохраняет память о конкретном человеке — возможно, не самом заметном в деревне, но достаточно приметном, чтобы его дети получили такое родовое имя.