Фамилия Шуникова — женская форма фамилии Шуников, и её происхождение не так очевидно, как может показаться на первый взгляд. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Шуник, которое, скорее всего, образовано от глагола «шунить» — в русских говорах это означало «шуметь, галдеть, браниться» или, наоборот, «шептаться, нашёптывать». То есть прозвище могло характеризовать человека либо крикливого и сварливого, либо того, кто постоянно шепчется и интригует. В диалектах встречается и слово «шуня» — тихоня, скрытный человек, что добавляет ещё один оттенок значения.

Суффикс -ов в мужской форме (Шуников) указывает на принадлежность: буквально «сын Шуника». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён. Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими корнями — например, от тюркского «шун» (камень, скала) или от имени Шуна, известного в булгарской и татарской ономастике. Однако для центральнорусского ареала, где фамилия встречается чаще, славянская версия с глаголом «шунить» выглядит убедительнее.

Фамилия Шуникова не относится к числу дворянских или широко распространённых — это скорее крестьянская или мещанская фамилия, типичная для северных и вологодских земель. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян с прозвищем Шуник, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там слово «шуня» в значении «тихоня» было в ходу, и прозвище могло закрепиться за спокойным, неразговорчивым человеком — то есть значение фамилии могло быть прямо противоположным тому, что кажется на первый взгляд.

Редкость фамилии объясняется и тем, что основа «шун» не дала большого числа производных. В отличие от фамилий на -ин (Шунин), форма на -ов встречается реже, что делает Шуниковых и Шуниковых носителями довольно локальной, «камерной» фамилии, которая почти не вышла за пределы своего исходного диалектного гнезда.