Фамилия Шуниковы — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ов, указывающий на принадлежность: буквально «чей?» — Шуников. Но в отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь основа твёрдая, и окончание -ов говорит о том, что прозвище или имя предка оканчивалось на согласный. Ключевой вопрос — что скрывается в корне «Шуник».

Самая прямая версия: Шуник — это разговорная или диалектная форма имени Александр. В русских говорах, особенно северных и вологодских, имя Александр через цепочку сокращений (Саша → Саня → Шаня → Шуня) давало форму Шуня, Шуник. Уменьшительный суффикс -ик в таком случае был не просто ласкательным, а указывал на конкретного человека: «маленький Шуня» или «сын Шуни». Таким образом, Шуниковы — это потомки некоего Александра, которого в быту звали Шуником.

Вторая версия, менее распространённая, но с правом на существование: связь с глаголом «шунить» или «шунять». В некоторых говорах это означало «журить, бранить, усмирять», а в других — «шуметь, ссориться». Прозвище Шуник могли дать человеку крикливому, сварливому или, наоборот, тому, кто любил утихомиривать других. Однако эта гипотеза слабее: глагол встречается редко, а фамилия Шуниковы не настолько массовая, чтобы опираться на столь узкую диалектную лексику.

Обратите внимание на суффикс -ик в основе. В русской антропонимии он характерен для фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным или уничижительным оттенком (ср. Гвоздиков, Козликов). Но в случае с Шуниковым суффикс, скорее всего, уже входил в состав исходного прозвища, а не добавлялся при образовании фамилии. Это отличает Шуниковых от фамилий вроде Шунин (от Шуня) — здесь форма с -ик более конкретная и личная.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу и центру России: встречается в архивах Новгородской, Псковской, Тверской и Вологодской губерний. В крестьянской среде Шуниковы не были редки, но и не образовывали обширных гнёзд. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая из уличного прозвища.

Если сопоставить с однокоренными фамилиями — Шунин, Шуняев, Шуников, — то последняя стоит особняком: она единственная использует суффикс -ик, что может указывать на конкретное лицо (например, Шуник как имя сына Шуни). В любом случае, искать предка стоит среди людей, носивших имя Александр или прозвище, связанное с шумом, — и скорее первое, чем второе.