Фамилия Шунова — женская форма фамилии Шунов. Она образована по простой и распространённой модели: к основе мужской фамилии добавили окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (жене или дочери Шунова). Поэтому, чтобы понять происхождение, нужно разобрать мужской вариант — Шунов.

Фамилия Шунов, скорее всего, имеет прозвищное происхождение. В её основе лежит слово «шун» или «шуня». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шуня» — это прозвище тихого, скрытного или нелюдимого человека. В некоторых диалектах «шун» могло означать и нечто другое: например, так называли человека, который носит старую, поношенную одежду (от «шунить» — ветшать, изнашиваться). Оба значения дают примерно одинаковую картину: предок получил фамилию по своей манере поведения или внешнему виду.

Менее вероятна, но возможна версия от канонического имени. В святцах нет имени Шун, но в старину на Руси существовали уменьшительные формы от крестильных имён вроде Александр (Шура, Шунька) или Арсений (Шуня). В этом случае Шунов — потомок человека, которого в быту звали Шуня. Однако эта версия слабее: прозвищная основа «шун» встречается в документах XVI–XVII веков гораздо чаще, чем уменьшительная форма от имени.

Географически фамилия Шунов/Шунова тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, реже — на Урале. Это косвенно подтверждает связь с севернорусскими говорами, где слово «шуня» было в ходу.

Особенность фамилии в том, что её корень — «шун» — не имеет прозрачной этимологии в литературном русском языке. Это чисто диалектное слово, которое почти не встречается за пределами фамилий. У фамилии есть редкий вариант с суффиксом -ин — Шунин, но он образован от другой основы (Шуня как личное имя). Шунов же чётко показывает, что предок звался Шун — именно так, с нулевым окончанием, в мужском роде.

Таким образом, носительница фамилии Шунова может считать, что её предки жили на Русском Севере или в центральной России, и один из них получил прозвище Шун — скорее всего, за спокойный, замкнутый характер или за небрежный вид.