Фамилия Шунихина — женская форма, а мужская — Шунихин. В основе лежит прозвище Шуниха, и ключ к его разгадке — суффикс -их(а). В русской ономастике этот суффикс (в форме -ин в фамилии) обычно указывает на принадлежность: Шунихин значит «сын (или потомок) Шунихи». Но само слово Шуниха могло обозначать либо жену человека по имени Шуня, либо женщину с характерным прозвищем Шуня.

Корень шун- — тёмный и редкий. Самая вероятная версия ведёт к диалектному глаголу «шунить», который в рязанских, тамбовских и владимирских говорах означал «шалить, проказничать, дурачиться». Шуней могли прозвать озорного ребёнка или взрослого с весёлым, непоседливым нравом. Тогда Шуниха — либо жена такого человека, либо сама женщина-проказница. Мужская форма Шунихин закрепилась за их детьми.

Вторая версия, менее распространённая, связывает Шуню с краткой формой канонического имени Александр (через Шура → Шуня). Но в русской традиции имя Шура обычно давало фамилии на -ин (Шурин), а Шуня — скорее прозвищное образование, чем сокращение от крестильного имени.

Географически фамилия Шунихин встречается в основном в центральной России — в Нижегородской, Владимирской, Ивановской областях. Это зона бытования «окающих» говоров, где прозвище Шуня звучало органично. Сословно Шунихины, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: фамилия с суффиксом -ин и нестандартной основой редко встречается у дворянства, которое чаще носило фамилии на -ов/-ев или -ский.

В написании путаницы нет: Шунихина пишется через И, а не через Ы (не Шуныхина), что подтверждает связь с суффиксом принадлежности -ин. Родственных фамилий с таким же корнем почти нет, что делает Шунихиных носителями довольно уникального прозвища, уходящего в диалектную лексику XIX века.