Фамилия Шупея — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая типичными фамильными суффиксами. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которую носил сам носитель прозвища, и она не перешла в форму притяжательного прилагательного на -ов или -ин. Такие фамилии характерны для западнорусских земель, особенно для Украины и Белоруссии, где модель «прозвище как фамилия» была распространена шире, чем в Великороссии.

Основа фамилии — слово «шупей» или «шупея». В русских говорах «шупея» — это короткая верхняя одежда, род шубы или кафтана на меху. В украинском и белорусском языках слово «шупей» могло означать не только одежду, но и неопрятного, нерасторопного человека, «шушпанчика», или же, наоборот, того, кто носит такую одежду — отсюда прозвище могло закрепиться за портным, скорняком или человеком, который всегда ходил в одном и том же старом шубее. Есть и более прозаичная версия: в польском языке «szupiej» — это вид плаща, что указывает на возможное шляхетское влияние и заимствование через польскую культуру.

Словообразовательная модель проста: суффикс отсутствует, окончание -я указывает на мягкий тип склонения. Фамилия склоняется как существительное женского рода (Шупея, Шупеи, Шупее), хотя носитель может быть мужчиной — это обычное поведение для таких «окаменевших» прозвищ.

Географически фамилия Шупея встречается в основном на западе современной России, в Брянской и Смоленской областях, а также в Белоруссии и на Украине. Встречаемость крайне низкая: по открытым данным, в России её носят не более нескольких десятков человек. Это не фамилия крепостного крестьянина (которым чаще давали «оформленные» фамилии), а скорее прозвище свободного человека — казака, мещанина или однодворца, жившего на пограничье.

Если сравнивать с однокоренными, то «Шубин» — производное от «шуба», а «Шупея» сохранила более архаичную и конкретную форму. Встречается также вариант Шупей — без окончания -я, что типично для украинской передачи. Спорных версий немного: попытки связать фамилию с личным именем Шупа (гипотетически от Шуфра, Шефтель) выглядят натянутыми, так как слово «шупея» хорошо документировано в бытовой лексике.