Фамилию Шупрудько стоит разбирать не с корня, а с суффикса — это самый верный путь. Формант -ко типичен для украинских и белорусских фамилий. Он выполняет ту же роль, что русское -ов/-ев: превращает прозвище в наследственное имя. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Шупрудько́, что тоже характерно для украинской модели.

Основа фамилии — Шупрудь. Это прозвище, которое могло произойти от глагола «шупрудити». В украинских и южнорусских говорах этот глагол имеет значение «торчать», «ерошить», а также «делать что-то небрежно, кое-как». Человек с таким прозвищем мог быть неряшливым, взъерошенным или, наоборот, иметь привычку всё делать наспех. Есть и более безобидная версия: «шупрудь» могло быть диалектным названием какого-то предмета, например, торчащей щепки или сучка — прозвище тогда дали бы по внешнему сходству.

Версия о происхождении от личного имени Шупрун (производное от Шуприян — народной формы имени Киприан) менее вероятна. Для фамилий, образованных от имён, типичнее суффиксы -енко, -ук, -юк, а не -ко напрямую. Здесь же мы видим классическую модель «прозвище + -ко», где Шупрудь — это именно прозвищное имя, а не сокращение от календарного.

Родственные фамилии — Шупрун, Шупруненко, Шупрудь — встречаются в Черниговской, Полтавской и Сумской областях. Если ваш предок носил фамилию Шупрудько, он, скорее всего, происходил из крестьянской или казацкой среды Левобережной Украины, где такие прозвища были обычным делом. Фамилия не дворянская и не искусственная (семинарская), а чисто бытовая, народная.