Фамилия Шушамоина — редкий пример, где суффикс указывает на пол носителя точнее, чем обычно. Перед нами женская форма фамилии Шушамоин, образованная по классической русской модели: к мужской основе добавили окончание -а, чтобы назвать женщину. Сама мужская фамилия построена с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Шушамоин, то есть сын или потомок Шушамоя. Встречается и вариант Шушамоин — в документах могла закрепиться как мужская, так и женская форма, но в быту женская ветвь чаще писалась через -а.

Основа фамилии — прозвище Шушамой. В нём два корня: «шуша» и «мой». Первый, «шуша», в русских говорах имеет несколько значений: так могли называть вялого, медлительного человека (от глагола «шушать» — мешкать, копаться), либо, наоборот, непоседу — от «шустрый» с переогласовкой. Второй корень, «мой», скорее всего, восходит к глаголу «мыть». Получается составное прозвище вроде «шуша-мой» — человека, который моет медленно или, напротив, слишком суетливо. Такие двукорневые прозвища (сравните: Вертишейка, Держиморда) в XVI–XVII веках были характерны для крестьянской и посадской среды, где меткое слово заменяло фамилию.

Географически фамилия Шушамоин (и её женская форма) почти не встречается за пределами России. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, носители сосредоточены в центральных областях — в Тверской, Ярославской, возможно, в Костромской. Это косвенно подтверждает, что прозвище бытовало в северных и северо-западных говорах, где слово «шушать» записано диалектологами. Фамилия могла закрепиться за одной семьёй или несколькими родственными кланами, не получив широкого распространения.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, модель на -ин здесь работает с прозвищем. Это говорит о том, что предок Шушамоиных был человеком, получившим уличное имя по поведению или занятию. Возможно, он мыл посуду в трактире или занимался стиркой — и окружающие обыграли это в прозвище с оттенком насмешки или добродушной иронии.