Фамилия Шушаева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, звукоподражательное прозвище. В русском языке слово «шуша» (или «шушня») в некоторых говорах означало сплетню, слух, шепот, а также человека, который любит пошептаться или распускать слухи. Соответственно, Шушаем или Шушей могли прозвать сплетника, ябеду или просто негромко говорящего человека. Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с диалектным «шуш» — «сушь», «сухость», но она слабее, так как в говорах чаще фиксируется именно значение «шепот» или «шушуканье».

Фамилия образована по стандартной русской модели: от прозвища Шушай с помощью патронимического суффикса -ев, указывающего на принадлежность (чей? — Шушаев, то есть сын Шушая). Окончание -а — женская форма, но в разговорной речи и в документах фамилия может склоняться как мужская (Шушаев) и женская (Шушаева) в зависимости от пола носителя. Суффикс -ай в прозвище типичен для севернорусских и сибирских говоров, где часто образовывали прозвища от глаголов: «гуляй», «кусай», «шушай» (от «шушать» — шептать).

Географически фамилия привязана к Поволжью и Уралу, с заметным очагом в Татарстане и Башкортостане, что может указывать на тюркское влияние. В татарском языке есть слово «шушы» — «этот», «этот самый», и Шушай могло быть прозвищем человека, который постоянно повторял это слово. Однако для русской фамилии Шушаева эта версия менее вероятна, так как в тюркских языках фамилии с таким суффиксом редки, а русская модель образования очевидна.

В XVIII–XIX веках носители фамилии встречались среди государственных крестьян и однодворцев, то есть людей, которые не были крепостными, а несли повинности в пользу государства. Это говорит о том, что предки Шушаевых, скорее всего, жили на южных или восточных окраинах России, где было много свободных переселенцев. Фамилия не дворянская и не купеческая — в исторических списках привилегированных сословий она не фигурирует.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шушин (от «шуша» — сплетня), Шушков (от «шушка» — шептун), Шушпанов (от тюркского «шушпан» — тихий). Фамилия Шушаева стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ай, который делает её более «живой» и прозрачной по смыслу. Если ваш предок был Шушаем, он, вероятно, был человеком общительным, но не любил говорить громко — или, наоборот, любил посплетничать, что в деревенской среде было обычным поводом для прозвища.