Фамилия Шушар — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первого взгляда. Она звучит не по-русски, и это ключ к её разгадке. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев, -ин, Шушар стоит особняком: она вообще не имеет суффикса. Такая модель (чистая основа) характерна для фамилий украинского, белорусского, польского происхождения, а также для тюркских или кавказских заимствований, которые «обрусели» без изменений.

Происхождение основы «шушар» — спорное, и здесь есть две основные версии. Первая и самая прямая: в основе лежит тюркское слово «шушар» или близкое к нему, которое в разных диалектах могло означать «шелуха», «отходы», «мелкий сор». В таком случае прозвище Шушар давали человеку неопрятному, неряшливому или, наоборот, тому, кто занимался переборкой зерна, очисткой — своего рода «мусорщику» или веяльщику. Вторая версия, менее очевидная, но правдоподобная для регионов Поволжья: Шушар — это искажённое «Шушарь», то есть «тот, кто шушит» (шушит — диалектный глагол, означающий «шептаться», «нашёптывать», «наговаривать»). Такое прозвище мог получить сплетник, наушник или знахарь, читающий заговоры шёпотом.

Нельзя исключать и топонимический след. В Татарстане и Башкортостане встречаются мелкие населённые пункты с корнем «Шушар» (например, деревня Шушар). В этом случае фамилия могла образоваться от названия места жительства: «Шушарский» со временем сократили до Шушар, или же переселенца записали просто по названию родной деревни. Учитывая, что суффикс -ар в русских фамилиях редок, а в тюркских языках — обычный аффикс деятеля, логичнее всего считать фамилию Шушар прозвищной, тюркской по корню, адаптированной русским языком без изменений. Это фамилия человека, чей предок получил меткое бытовое или профессиональное прозвище, которое закрепилось в неизменной форме.