Основой фамилии Шушакова послужило мирское имя Шишак. Вероятно, фамилия Шушакова образована от мирского имени Шишак. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шушакова от прозвища, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Изменение звука «и» на «у» может объясняться влиянием просторечной произносительной нормы. Также, возможно, что фамилия Шушакова образована от вологодского глагола «шушкать», то есть «унимать крик, шум». Возможно, основатель рода Шушаковых получил прозвище Шушак, будучи человеком, умело улаживающим конфликты, споры. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишак, со временем получил фамилию Шушакова.